Suot suodattavat kiintoaineita ja veden kuljettamia ravinteita itseensä, ja käyttävät niitä sammaleen kasvuun. Näin ravinteet ja kiintoaines eivät päädy vesistöjä pilaamaan. Kolmasosa Etelä-Suomen ojittamattomistakin soista on menettänyt suodattavan kykynsä, koska ne on reunaojilla leikattu irti valuma-alueestaan. Erityisesti rehevillä soilla ennallistaminen voi ensin aiheuttaa ojituksen kaltaisia haitallisia vesistövaikutuksia. Tämän riskin torjuminen otetaan huomioon ennallistamisen toteutuksessa. Ojitus myös toistuu, ennallistaminen on kertaluonteinen toimenpide.

Tuoreiden Luonnonvarakeskuksen tutkimustulosten mukaan ojitus lisää vesistöpäästöjä jopa vuosikymmenien ajaksi ja kokonaispäästöt ovat moninkertaisia aiemmin arvioituun verrattuna. Ennallistaminen parantaa pitkäaikaisesti ja luotettavasti vesistöjen tilaa.